Kaasaegsed meetodid molekulaarses ökoloogias (MLB7052.LT)
Õppeaine kood
MLB7052.LT
vana ainekood
Õppeaine nimetus eesti k
Kaasaegsed meetodid molekulaarses ökoloogias
Õppeaine nimetus inglise k
Modern Molecular Methods in Ecology
Õppeaine maht EAP
6.0
Kontrollivorm
eksam
2026/2027 sügissemestri õppejõud
Peeter Laas (õpetamise keel: eesti keel)
2026/2027 kevadsemestri õppejõud
Ei ole õpetamiseks avatud. Vt all õppekava lingi kaudu peaeriala all nominaaljaotuse ajakava.
Õppeaine eesmärgid
Toetada teadmiste kujunemist molekulaarbioloogias ja nendest tulenevate metoodikate kasutamisest ökoloogias;
Toetada oskuste kujunemist, mis võimaldavad mõista erinevate molekulaarsete meetodite kasutamist ökoloogilistes uuringutes;
Toetada teadmiste kujunemist molekulaarsete meetodite valikust ja kasutamisest ökoloogilistes uurimustöödes.
Toetada teadmiste kujunemist molekulaarses ökoloogias praktilise töö käigus;
Toetada oskuste kujunemist, mis võimaldavad rakendada molekulaarseid meetodeid ökoloogilistes uuringutes;
Toetada representatiivsete andmete kogumiseks vajalike oskuste kujunemist.
Toetada oskuste kujunemist, mis võimaldavad mõista erinevate molekulaarsete meetodite kasutamist ökoloogilistes uuringutes;
Toetada teadmiste kujunemist molekulaarsete meetodite valikust ja kasutamisest ökoloogilistes uurimustöödes.
Toetada teadmiste kujunemist molekulaarses ökoloogias praktilise töö käigus;
Toetada oskuste kujunemist, mis võimaldavad rakendada molekulaarseid meetodeid ökoloogilistes uuringutes;
Toetada representatiivsete andmete kogumiseks vajalike oskuste kujunemist.
Õppeaine sisu lühikirjeldus
I plokk - molekulaarbioloogia alused ja mõõtmine
evolutsioon, teaduslik mõtlemine ja molekulaarbioloogia;
DNA, RNA, valkude, puhvrite, ensüümide ja molekulaarsete vastasmõjude keemilised alused;
replikatsioon, mutatsioon, parandamine, rekombinatsioon, transkriptsioon, translatsioon ja regulatsioon;
proovide esinduslikkus, säilitamine, eraldamine, kvantifitseerimine, inhibeerimine ja saastumine.
II plokk - molekulaarsete meetodite tööriistakast
geelelektroforees, restriktsioonanalüüs, Southern blot, PCR, qPCR, ddPCR, Sangeri sekveneerimine, sondid, FISH, fluorestsents, mikroskoopia ja voolutsütomeetria;
molekulaarsed markerid, DNA-vöötkoodid, metabarkodeerimine, allosüümid, RFLP, mikrosatelliidid ja SNP-id;
Illumina, PacBio ja Oxford Nanopore, raamatukogude ettevalmistamine, lugemite kvaliteet, genoomi kokkupanek, annotatsioon ja andmehaldus.
III plokk - omikad
genoomika ja andmebaasid;
transkriptoomika, mittekodeeriv RNA, elutsükli- ja staadiumispetsiifiline regulatsioon, epigeneetika ja funktsionaalne genoomika;
proteoomika, kvantitatiivne proteoomika, valkude vastasmõjud, translatsioonijärgsed modifikatsioonid, ja molekulaarsed fenotüübid;
IV plokk - ökoloogia, evolutsioon ja sekkumine
fülogenees, fülogeograafia, populatsioonigeneetika, koalestsents ja koosluse taseme järeldused;
peremees-parasiit- ja parasiit-vektor-interaktsioonid, mikrobioomid, ja keskkonnaseire;
CRISPR, LAMP, mikrofluidika, labor kiibil
evolutsioon, teaduslik mõtlemine ja molekulaarbioloogia;
DNA, RNA, valkude, puhvrite, ensüümide ja molekulaarsete vastasmõjude keemilised alused;
replikatsioon, mutatsioon, parandamine, rekombinatsioon, transkriptsioon, translatsioon ja regulatsioon;
proovide esinduslikkus, säilitamine, eraldamine, kvantifitseerimine, inhibeerimine ja saastumine.
II plokk - molekulaarsete meetodite tööriistakast
geelelektroforees, restriktsioonanalüüs, Southern blot, PCR, qPCR, ddPCR, Sangeri sekveneerimine, sondid, FISH, fluorestsents, mikroskoopia ja voolutsütomeetria;
molekulaarsed markerid, DNA-vöötkoodid, metabarkodeerimine, allosüümid, RFLP, mikrosatelliidid ja SNP-id;
Illumina, PacBio ja Oxford Nanopore, raamatukogude ettevalmistamine, lugemite kvaliteet, genoomi kokkupanek, annotatsioon ja andmehaldus.
III plokk - omikad
genoomika ja andmebaasid;
transkriptoomika, mittekodeeriv RNA, elutsükli- ja staadiumispetsiifiline regulatsioon, epigeneetika ja funktsionaalne genoomika;
proteoomika, kvantitatiivne proteoomika, valkude vastasmõjud, translatsioonijärgsed modifikatsioonid, ja molekulaarsed fenotüübid;
IV plokk - ökoloogia, evolutsioon ja sekkumine
fülogenees, fülogeograafia, populatsioonigeneetika, koalestsents ja koosluse taseme järeldused;
peremees-parasiit- ja parasiit-vektor-interaktsioonid, mikrobioomid, ja keskkonnaseire;
CRISPR, LAMP, mikrofluidika, labor kiibil
Õppeaine õpiväljundid
Õppeaine edukal läbimisel üliõpilane:
- tunneb DNA, RNA, valkude, genoomide, geeniekspressiooni ja molekulaarsete fenotüüpide põhimõtteid;
- teab replikatsiooni, mutatsiooni, parandust, rekombinatsiooni, transkriptsiooni, translatsiooni, RNA töötlemist ja geeniregulatsiooni;
- tunneb ökoloogilise küsimuse jaoks sobiva proovivõtu, säilitamise ja analüüsistrateegia valmist;
- kavandab proovide eraldamise ja amplifitseerimise töövoo koos negatiivsete ja positiivsete kontrollide, korduste ning inhibeerimise kontrolliga;
- tunneb geelelektroforeesi, Sangeri järjestuse, qPCR-i, FASTQ-failide ja Nanopore'i jooksuaruannete tulemusi;
- tunneb Sangeri, lühikeste lugemite ja pikkade lugemite sekveneerimist konkreetse bioloogilise eesmärgi seisukohalt;
- tunneb molekulaarseid markereid, metabarkodeerimist, genoomide võrdlust, fülogeneetilist analüüsi ja populatsioonigeneetilisi kokkuvõtteid põhjendatult;
- tunneb transkriptoomika, proteoomika, hübridisatsiooni, mikroskoopia ja voolutsütomeetria tulemuste analüüsi.
- tunneb DNA, RNA, valkude, genoomide, geeniekspressiooni ja molekulaarsete fenotüüpide põhimõtteid;
- teab replikatsiooni, mutatsiooni, parandust, rekombinatsiooni, transkriptsiooni, translatsiooni, RNA töötlemist ja geeniregulatsiooni;
- tunneb ökoloogilise küsimuse jaoks sobiva proovivõtu, säilitamise ja analüüsistrateegia valmist;
- kavandab proovide eraldamise ja amplifitseerimise töövoo koos negatiivsete ja positiivsete kontrollide, korduste ning inhibeerimise kontrolliga;
- tunneb geelelektroforeesi, Sangeri järjestuse, qPCR-i, FASTQ-failide ja Nanopore'i jooksuaruannete tulemusi;
- tunneb Sangeri, lühikeste lugemite ja pikkade lugemite sekveneerimist konkreetse bioloogilise eesmärgi seisukohalt;
- tunneb molekulaarseid markereid, metabarkodeerimist, genoomide võrdlust, fülogeneetilist analüüsi ja populatsioonigeneetilisi kokkuvõtteid põhjendatult;
- tunneb transkriptoomika, proteoomika, hübridisatsiooni, mikroskoopia ja voolutsütomeetria tulemuste analüüsi.
Õppejõud
Peeter Laas PhD
Eeldusaine 1
Eeldusaine 2
Õppekavaversioonid, millesse aine kuulub